|
|
S3. Анализ сложных биологических систем. Эксперимент и модели
Симпозиум с международным участием «Биофизика сложных систем.
Вычислительная и системная биология. Молекулярное моделирование»
Программа заседаний
Вторник, 23 января, 9.00–11.00
W1. Вычислительная и системная биология. Экологическое моделирование Аудитория 1-121
- 9.00 Беляева Наталья Евгеньевна (Московский государственный университет им. М.В.Ломоносова, биологический ф-т, каф. биофизики, Сектор информатики и биофизики сложных систем) Особенности стадий переноса электронов в компонентах мембраны тилакоида на шкале времени от пикосекунд до сотен секунд по результатам моделирования индукции флуоресценции и Р700 редокс изменений с учетом перехода состояний для микроводоросли и цианобактерии (Беляева Н.Е., Булычев А.А., Ермаченко В.А., Ризниченко Г.Ю., Рубин А.Б. – приглашенный доклад)
- 9.30 Хрущёв Сергей Сергеевич (Московский государственный университет им. М.В.Ломоносова, Биологический ф-т, каф. биофизики, Сектор информатики и биофизики сложных систем) Моделирование стационарного потока электронов в фотосинтетической электрон-транспортной цепи (Хрущев С.С., Плюснина Т.Ю., Ризниченко Г.Ю., Рубин А.Б.)
- 9.50 Бузмаков Максим Дмитриевич (Пермь, Пермский национальный исследовательский политехнический университет) Хаотическая и стохастическая динамика в генных цепях с запаздывающей обратной связью (Бузмаков М.Д., Брацун Д.А.)
- 10.10 Крупянский Юрий Федорович (Москва, Институт химической физики им. Н.Н.Семенова РАН, Отдел строения вещества) Структура конденсированной ДНК в бактериях при различных видах стресса (Крупянский Ю.Ф., Лойко Н.Г., Терешкина К.Б., Коваленко В.В., Терешкин Э.В., Соколова О.С., Попов А.Н. – приглашенный доклад)
Короткие сообщения
- 10.40 Червицов Роман Николаевич (Московский государственный университет им. М.В.Ломоносова, Биологический ф-т, каф. биофизики) Анализ состояния фотосинтетического аппарата и его гетерогенности водоросли Chlorella vulgaris при выращивании на свету различной интенсивности (Червицов Р.Н., Чистякова Ю.А., Хрущев С.С., Плюснина Т.Ю.)
- 10.50 Маторин Дмитрий Николаевич (Московский государственный университет им. М.В.Ломоносова, Биологический ф-т, каф. биофизики, Группа экологии фотосинтеза микроводорослей и фитопланктона) Влияние противомикробного препарата ципрофлоксацина на энергопреобразующие процессы фотосинтеза зеленой микроводоросли Scenedesmus quadricauda (Маторин Д.Н., Яковлева О.В., Тодоренко Д.А., Антал Т.К., Алексеев А.А.)
Вторник, 23 января, 15.00–18.30
W1. Вычислительная и системная биология. Экологическое моделирование Аудитория 1-121
- 15.00 Ермаков Александр Сергеевич (Московский государственный университет им. М.В.Ломоносова, Биологический ф-т, каф. Эмбриологии) Гипотеза гипервосстановления механических напряжений (приглашенный доклад)
- 15.30 Костарев Кирилл Владимирович (Пермь, ПНИПУ, Прикладная физика) Многоуровневое математическое моделирование морфогенеза эпителиальных листов (Красняков И.В., Брацун Д.А., Костарев К.В.)
- 15.45 Фурсова Полина Викторовна (Московский государственный университет им. М.В.Ломоносова, Биологический ф-т, каф. биофизики, Сектор информатики и биофизики сложных систем) Параметр перемещения клеток-агентов как главный фактор формирования режима функционирования модельной популяции фитопланктона в двуслойной среде (Фурсова П.В., Ризниченко Г.Ю., Погосян С.И.)
16.00–16.15 Перерыв. Кофе
- 16.15 Цхай Александр Андреевич (Барнаул, Институт водных и экологических проблем СО РАН, лаборатория гидрологии и геоинформатики, доктор технических наук, профессор) Пространственно-временной аспект моделирования водной экосистемы (на примере Новосибирского водохранилища) (Цхай А.А., Агейков В.Ю.)
- 16.30 Костарев Кирилл Владимирович (Пермь, ПНИПУ, Прикладная физика) Моделирование вихревых движений в процессе коллективного поведения живых организмов (Костарев К.В., Брацун Д.А.)
- 16.45 Бадалов Александр Александрович (Пущино, ИБК РАН, Лаборатория структуры и динамики биомолекулярных систем) Деструкторы нефти:
компьютерная реконструкция и субстратная специфичность (Кондратьев М.С., Бадалов А.А., Хечинашвили Н.Н., Комаров В.М., Самченко А.А., Пунтус И.Ф.)
Среда, 24 января, 9.00–11.00
W2. Молекулярное моделирование Аудитория 1-120
- 9.00 Аксенова Светлана (Дубна, ОИЯИ) Модельные исследования функционирования глутаматных рецепторов гиппокампа при оксидативном стрессе (Аксенова С.В., Батова А.С., Бугай А.Н., Душанов Э.Б.)
- 9.15 Мулашкина Татьяна Игоревна (Московский государственный университет им. М.В.Ломоносова, Химический ф-т, Кафедра физической химии, Лаборатория квантовой химии и молекулярного моделирования) Механизмы разрыва Р-О связи органофосфатов в активных центрах ферментов (Мулашкина Т.И., Кулакова А.М., Хренова М.Г.)
- 9.30 Федулова Анастасия Сергеевна (Московский государственный университет им. М.В.Ломоносова, Биологический ф-т, каф. биоинженерии ) Моделирование молекулярной динамики нуклеосом при связывании пептидами LANA и CENP-C (Федулова А.С., Армеев Г.А., Шайтан А.К.)
- 9.45 Грибкова Анна Кирилловна (Московский государственный университет им. М.В.Ломоносова, Биологический ф-т, каф. биоинженерии) Поиск белков вирусов, мимикрирующих под гистоны человека, с применением методов искусственного интеллекта (Грибкова А.К., Шайтан А.К.)
- 10.00 Чесалин Денис Дмитриевич (Москва, ИОФ РАН, Центр биофотоники) Оптимизация моделирования оптических свойств пигмент-белковых комплексов (Чесалин Д.Д., Курков В.А., Шкирина У.А., Пищальников Р.Ю.)
- 10.15 Ивонцин Леонид Андреевич (Москва, НИИ Цитохимии и молекулярной фармакологии, сектор математического моделирования и статистической обработки результатов) Мутационный анализ протонных полуканалов FoF1-АТФсинтазы (Ивонцин Л.А., Машковцева Е.В., Нарциссов Я.Р.)
- 10.30 Василенко Егор (Москва, Институт молекулярной биологии им. В.А.Энгельгардта РАН) Термодинамическая модель образования белковых линейных агрегатов на матрице (Василенко Е.О., Козин С.А., Митькевич В.А., Бучельников А.С., Нечипуренко Ю.Д.)
Среда, 24 января, 9.00–11.00
W3. Медицинская и радиационная биофизика Аудитория 1-121
- 9.00 Нарциссов Ярослав Рюрикович (Москва, НИИ Цитохимии и молекулярной фармакологии, Сектор математического моделирования и статистической обработки результатов) Пространственная неоднородность биологического объекта и ее влияние на градиенты концентрации метаболитов (приглашенный доклад)
- 9.30 Гриневич Андрей Анатольевич (Пущино, Институт биофизики клетки Российской академии наук - обособленное подразделение Федерального государственного бюджетного учреждения науки «Федеральный исследовательский центр «Пущинский научный центр биологических исследований Российской академии наук», Лаборатория клеточной нейробиологии) Математические методы анализа и моделирования ритмических процессов в сердечно-сосудистой системе человека и их нарушений при сахарном диабете 2 типа (Гриневич А.А., Тихонова И.В., Гусева И.Е., Танканаг А.В., Чемерис Н.К. – приглашенный доклад)
- 10.00 Машковцева Елена Валерьевна (Москва, НИИ Цитохимии и молекулярной фармакологии) Изменение реактивности сосудов головного мозга человека после сублингвального приема глицина (Машковцева Е.В., Рудникова Н.А., Копылова В.С., Нарциссов Я.Р.)
- 10.15 Агентова Виктория Сергеевна (Москва, НИИ Цитохимии и молекулярной фармакологии) Динамика изменения синаптического содержания медиатора на примере модели изолированного глицинергического синапса (Агентова В.С., Нарциссов Я.Р.)
- 10.30 Загубная Ольга Анатольевна (Москва, НИИ Цитохимии и молекулярной фармакологии, Сектор математического моделирования и статистической обработки результатов ) Функциональное описание 3D модели глутаматергического синапса (Загубная О.А., Нарциссов Я.Р.)
Короткие сообщения
Среда, 24 января, 15.00–18.30
W2. Молекулярное моделирование Аудитория 1-120
- 15.00 Вольхин Илья Александрович (Московский государственный университет им. М. В. Ломоносова, Факультет биоинженерии и биоинформатики) Моделирование взаимодействия фотосистемы I с пластоцианином и цитохромом c6 методом броуновской динамики (Вольхин И.А., Федоров В.А., Хрущев С.С., Коваленко И.Б.)
- 15.15 Иванцова Ольга Владимировна (Дубна, Объединенный институт ядерных исследований, Лаборатория информационных технологий ) Возможности квантовых симуляторов с классической архитектурой для молекулярного моделирования (Иванцова О.В., Рябов Н.В.)
- 15.30 Кулакова Анна Михайловна (Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова, Химический факультет, кафедра физической химии) Определение значимости геометрических параметров хромофора для предсказания спектров поглощения методами машинного обучения (Кулакова А.М., Захарова Т.М., Хренова М.Г.)
- 15.45 Косарим Никита Александрович (Московский государственный университет им. М.В.Ломоносова, Биологический ф-т) Молекулярно-динамическое моделирование нуклеосом, содержащих вариантный гистон H2A.J (Косарим Н.А., Федулова А.С., Шаряфетдинова А.С., Армеев Г.А., Шайтан А.К.)
16.00–16.15 Перерыв. Кофе
- 16.15 Ельцов Игорь Андреевич (Москва, Центр теоретических проблем физико-химической фармакологии РАН) Применение метода броуновской динамики для описания чувствительности динамики тубулиновых микротрубочек к температуре (Ельцов И.А., Ульянов Е.В., Виноградов Д.С., Гудимчук Н.Б.)
- 16.30 Армеев Григорий Алексеевич (Московский государственный университет им. М.В.Ломоносова, Биологический ф-т, Кафедра биоинженерии) Вариативность нуклеосом: исследование известных структур
- 16.45 Мамчур Александра Александровна (Московский государственный университет им. М.В.Ломоносова, Биологический ф-т, каф. биофизики) Предсказание сайтов для наиболее эффективного направленного мутагенеза оранжевого каротиноидного белка (Мамчур А.А., Ярошевич И.А.)
- 17.00 Жулидин Павел Андреевич (Саратовский государственный технический университет, Кафедра "Информационная безопасность автоматизированных систем"
Математическое моделирование и комплексы программ.) Влияние межмолекулярного комплексообразования на физико-химические свойства модифицированного глицина (Жулидин П.А., Филин П.Д., Пластун И.Л., Яковлев Р.Ю.)
- 17.15 Филин Павел Дмитриевич (Саратовский государственный технический университет, Кафедра информационная безопасность автоматизированных систем) Анализ межмолекулярного взаимодействия бактериохлорофилла с полярными растворителями (Филин П.Д., Жулидин П.А., Пластун И.Л.)
- 17.30 Абатурова Анна Михайловна (Московский государственный университет им. М.В.Ломоносова, Биологический ф-т, каф. биофизики, Сектор информатики и биофизики сложных систем) Направленность движения молекул цитохрома с вблизи III дыхательного комплекса при транспорте электронов в модели броуновской динамики (Абатурова А.М., Ризниченко Г.Ю.)
Короткие сообщения
- 17.45 Краснобаева Лариса Александровна (Томский государственный университет, Томский гос. Ун-т , Физический ф-т кафедра теоретической физики) О движении кинков с ненулевой начальной скоростью в плазмиде pPF1
(Якушевич Л.В., Краснобаева Л.А.)
- 17.50 Сергеенкова Алина Андреевна (Москва, МИРЭА - Российский Технологический Университет, ИТХТ им. М.В. Ломоносова) Прогнозирование липофильности и предварительная оценка токсичности при разработке новых антикоагулянтов крови (Сергеенкова А.А., Кочетов А.Н., Носикова Л.А., Кудряшова З.А.)
- 17.55 Васильев Вениамин Андреевич Исследование зависимости откручивания ДНК от нуклеосом в зависимости от последовательности и длины ДНК методом малоуглового рассеяния рентгеновского излучения (Васильев В.А., Моторин Н.А., Афонин Д.А., Петерс Г.С., Моисеенко А.В., Армеев Г.А., Шайтан А.К.)
- 18.00 Сурков Макар Максимович (Московский государственный университет им. М.В.Ломоносова, Биологический ф-т, каф. биофизики) Электростатические свойства галогензамещённого тирозина (Сурков М.М., Ярошевич И.А.)
24 января, среда 15.00–18.30
W3. Медицинская и радиационная биофизика Аудитория 1-121
- 15.00 Никитич Антонина Алексеевна (Москва, Первый МГМУ им. И.М.Сеченова, Центр математического моделирования в разработке лекарств ) Использование подходов математического моделирования для изучения иммунного ответа при LCMV инфекции (Никитич А.А., Песков К.В., Бочаров Г.А.)
- 15.15 Угольков Ярослав (Москва, Институт вычислительной математики им. Г.И. Марчука РАН) Математическое моделирование аутоиммунных заболеваний: от теории к лекарству (Угольков Я.А., Леон К., Никитич А.А., Кулеш В.С., Жуденков К.В., Воронова В.М., Песков К.В., Соколов В.В., Волкова А.А.)
- 15.30 Овсенева Мария Игоревна Построение обобщенной популяционной модели фармакокинетики тенофовира дизопроксила фумарата (Овсенева М.И., Кулеш В.С.)
- 15.45 Никитич Антонина Алексеевна (Москва, Первый МГМУ им. И.М.Сеченова, Передовая инженерная школа, кафедра "Механика и математическое моделирование") Задача обобщения математической модели фармакокинетики-фармакодинамики для лекарственных препаратов анти-PD-1 (Киреев Б.В., Никитич А.А.)
16.00–16.15 Перерыв. Кофе
- 16.15 Васильева Мария Александровна (Дубна, Объединенный институт ядерных исследований, Лаборатория радиационной биологии) Кинетическое моделирование механизмов репарации двунитевых разрывов ДНК в клетках млекопитающих и человека в G1 и ранней S фазах клеточного цикла (Васильева М.А., Бугай А.Н., Душанов Э.Б., Пархоменко А.Ю.)
- 16.30 Молоткова Екатерина Андреевна (Московский государственный университет им. М.В.Ломоносова, Физический ф-т, каф. биофизики) Роль стохастических процессов в колебаниях концентрации кальция в тромбоцитах (Молоткова Е.А., Атауллаханов Ф.И., Балабин Ф.А.)
- 16.45 Глебов Артем Александрович (Дубна, Объединенный институт ядерных исследований, Лаборатория Радиационной Биологии, сектор математического моделирования радиационно-индуцированных эффектов) Анализ влияния радиационно-индуцированного дефицита новообразованных нейронов на поведение мышей (Глебов А.А, Колесникова Е.А., Бугай А.Н.)
- 17.00 Душанов Эрмухаммад (Дубна, Объединенный институт ядерных исследований, Лаборатория радиационной биологии) Анализ повреждений ДНК в опухолевых клетках человека в модели бор-нейтронозахватной терапии (Тогтохтур Т., Душанов Э., Кулагова Т., Кулик В., Батмунх М., Бугай А.)
- 17.15 Жигачева Ирина Валентиновна (Москва, Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт биохимической физики им. Н.М. Эмануэля Российской академии наук, Лаборатория физико-химических основ регуляции биологических систем) Ресвератрол повышает устойчивость организма к стрессовым воздействиям (Жигачева И.В., Крикунова Н.И., Миль Е.М.)
Короткие сообщения
Четверг, 25 января, 9.00–11.00
W2. Молекулярное моделирование Аудитория 1-120
- 9.00 Олейников Павел Денисович (Московский государственный университет им. М.В.Ломоносова, Биологический факультет, Кафедра Биоинженерии) Комплексное изучение взаимодействия пептидов с высокой аффинностью к «кислотному лоскуту» димера гистонов H2A-H2B и нуклеосом экспериментальными и вычислительными методами (Олейников П.Д., Федулова Ф.С., Армеев Г.А., Моторин Н.А., Сингх-Пальчевская Л.Р., Сивкина А.Л., Фескин П.Г., Глухов Г.С., Афонин Д.А., Комарова Г.А., Кирпичников М.П., Студитский В.М., Феофанов А.В., Шайтан А.К.)
- 9.15 Рябов Дмитрий Михайлович (Московский государственный университет им. М.В.Ломоносова, Биологический факультет, кафедра биоинженерии) Определение распределения позиций сайтов связывания пионерных транскрипционных факторов относительно положений нуклеосом по данным MNase-Seq (Рябов Д.М., Армеев Г.А.)
- 9.30 Васюченко Екатерина Павловна (Московский государственный университет им. М.В.Ломоносова, Биологический ф-т, каф. биофизики) Моделирование Броуновской динамики взаимодействия фотосенсибилизаторов с оболочкой коронавируса SARS-CoV-2 (Васюченко Е.П., Коваленко И.Б., Холина Е.Г., Федоров В.А., Хрущев С.С., Страховская М.Г.)
- 9.45 Yanq Anqi (shenzhen, Shenzhen MSU-BIT University) The omg approach: a user-friendly molecular simulation tool for membrane dynamics (Bozdaganyan M., Orekhov P., Yang A.)
- 10.00 Федоров Владимир Андреевич (Московский государственный университет им. М.В.Ломоносова, Биологический ф-т, каф. биофизики) Молекулярная динамика протофиламентов тубулина и влияние таксола на их изгибную деформацию (Федоров В.А., Холина Е.Г., Гудимчук Н.Б., Коваленко И.Б.)
Короткие сообщения
- 10.15 Кристовский Николай Всеволодович (Московский государственный университет им. м.в.ломоносова, биологический ф-т, каф. биоинженерии, лаборатория интегративной биологии) Методы моделирования эффективности Ферстеровского резонансного переноса энергии (Кристовский Н.В., Армеев Г.А.)
- 10.20 Мамаева Наида Юсуповна (Московский государственный университет им. М.В.Ломоносова, Биологический факультет, кафедра Биоинженерии) Анализ и дизайн ДНК/РНК-белковых взаимодействий на примере CRISPR/dCas-систем (Мамаева Н.Ю., Кристовский Н.В., Шайтан А.К.)
- 10.25 Авакянц Арина Вартановна (Московский государственный университет им. М.В.Ломоносова, Биологический факультет, Кафедра биоинженерии) Моделирование молекулярной динамики инженерного белка SRH-DR5-B-iRGD (Авакянц А.В., Федулова А.С., Яголович А.В., Шайтан А.К.)
- 10.30 Моторин Никита Андреевич (Московский государственный университет им. М.В.Ломоносова, Биологический факультет
Кафедра биоинженерии) Исследование динамики гистоновых хвостов в составе нуклеосомы и их участие в откручивании нуклеосомной ДНК при моделировании в разных моделях воды (Моторин Н.А., Шаряфетдинова А.С., Федулова А.С., Шайтан А.К.)
Четверг, 25 января, 9.00–11.00
W4. Моделирование, визуализация и анализ данных в исследовании когнитивных систем Аудитория 1-121
- 9.00 Браже Алексей Рудольфович (Московский государственный университет им. М.В.Ломоносова, Биологический ф-т, каф. биофизики) Управляемые данными и механизменные модели кальциевой сигнализации в астроцитах
- 9.25 Кузьмин Владислав Стефанович (Московский государственный университет им. М.В.Ломоносова, Биологический факультет, кафедра физиологии человека и животных) Визуализация и анализ анизотропного распространения волны возбуждения в атрио-вентрикулярном соединении сердца низших позвоночных животных (Кузьмин В.С., Воронина Я.А, Кархов А.М., Браже А.Р.)
- 9.45 Бобылева Анна Витальевна (Московский государственный университет им. М. В. Ломоносова, биологический факультет, кафедра биофизики ) Спектральный анализ структурных сетей головного мозга человека (Бобылева А.В., Поспелов Н.А., Нечаев С.К., Горский А.С., Вальба О.В.)
- 10.00 Лагоша Станислав Витальевич, Солдатова Анастасия Евгеньевна (Московский государственный университет им. М.В.Ломоносова, Биологический факультет, кафедра биофизики) Моделирование влияния этанола и блокаторов ГАМКэргической передачи на генерацию гиппокампального тета-ритма (Лагоша С.В., Солдатова А.Е., Семьянов А.В., Браже А.Р.)
- 10.15 Лукин Павел Олегович (Курский государственный университет) Влияние производных арахидоновой кислоты на васкулярную динамику и синаптическую активность (Лукин П.О., Верисокин А.Ю., Браже А.Р., Вервейко Д.В.)
- 10.30 Меркулова Ксения Олеговна (Саратовский государственный университет им. Н.Г. Чернышевского) Энергетический сон и локальный сон: есть ли связь? (Меркулова К.О., Постнов Д.Э.)
|
